Jeremy Vinhas

Je conçois, déploie et maintiens des pipelines d’analyse reproductibles pour transformer des données complexes en résultats exploitables.

J’ai travaillé à l’Institut de Génétique Humaine (IGH) à Montpellier, où j’étais en charge de la création et de la maintenance de pipelines pour différents types de données NGS : RNA-seq, ChIP-seq, ATAC-seq et Cut & Run. Mon rôle couvrait l’ensemble du flux d’analyse, du traitement des fichiers FASTQ jusqu’à la génération de matrices, visualisations et rapports destinés aux équipes de recherche. J’ai également réalisé un stage centré sur la mise en place de pipelines d’analyse Bulk RNA-seq, incluant l’automatisation des étapes de contrôle qualité, alignement, quantification et analyses différentielles.

Je maîtrise plusieurs langages de programmation, notamment R, Python et C++, que j’utilise pour le traitement de données, l’analyse statistique et le développement d’outils sur mesure. Je m’appuie aussi sur des technologies d’orchestration de workflows comme Snakemake afin d’automatiser les analyses, garantir leur reproductibilité et fiabiliser les résultats, aussi bien en environnement Linux que sur infrastructures HPC.

Ma plus-value réside dans ma capacité à structurer et industrialiser les analyses bioinformatiques. Je transforme des traitements souvent réalisés de manière ponctuelle ou manuelle en workflows robustes, automatisés et reproductibles. Mon approche combine rigueur technique, compréhension des problématiques biologiques et souci de transférabilité : je conçois des pipelines documentés et facilement réutilisables par les équipes. Cette vision globale, de la donnée brute à l’interprétation, me permet de sécuriser les analyses, optimiser les temps de traitement et renforcer la fiabilité scientifique des résultats produits.